我国对商标注册专用权实行工商保护和司法保护的双轨制，两者在启动程序等方面有所不同，同时又有一定的交叉。
两者在处理时间、启动程序、处理内容上有所不同。从处理时间上看，工商机关处理侵犯商标注册专用权行为比较迅速，花费时间较短。从启动程序来看，工商机关处理侵犯商标专用权行为可以依商标专用权人的申请启动， 也可以主动依职权进行查处。从处理内容上看，工商机关只能就赔偿问题进行调解，不能就赔偿问题作出裁决，如果不能达成调解，应告知当事人向法院起诉。
一、当事人就商标侵权纠纷，可以自愿选择向人民法院起诉，或者向工商行政管理机关投诉。如果当事人先向人民法院起诉，工商行政管理机关一般不再就同一当事人提出的同一商标纠纷控告立案受理。但是，具有下列情况之一的，可以受理：
- 工商行政管理机关先于人民法院立案的；
- 行为人对社会经济秩序造成损害而没有受到任何相应处窃，或者人民法院仅就侵权人和被侵权人双方赔偿纠纷进行审理的；
- 商标注册人的多件注册商标被他人擅自使用在相同或者类似商品或者服务上，如果商标注册人就其中部分注册商标被侵权的行为向人民法院起诉并已被受理的，则对其余不同的注册商标被侵权的行为，工商行政管理机关可以立案查处。
二、商标注册人或者利害关系人向工商行政管理机关就侵犯商标专用权行为请求处理，又向人民法院提起侵犯商标专用权诉讼请求损害赔偿的， 人民法院应当受理。工商行政管理机关不能就赔偿问题作出裁决，只能进行调解，而调解不是必经程序，当事人完全可以在请求工商行政管理机关查处商标侵权行为的同时，向人民法院提起侵权诉讼，请求赔偿损失。
三、人民法院受理的侵犯商标专用权纠纷案件，已经过工商行政管理机关处理的，人民法院仍应当就当事人民事争议的事实进行审查。这是国家法律对审判权行使的内在要求，人民法院的民事审判活动不受其他机关对民事法律关系认定情况的影响。
四、当时人对于于工商行政管理部门的决定不服的，可以自收到处理通知之曰起15日内提起行政诉讼，侵权人期满不起诉又不履行的，工商管理部门可以申请法院强制执行。
五、工商行政管理机关对同一侵犯商标注册专用权行为已经给予行政处罚的，人民法院不再予以民事制裁。
发现侵权货物即将出口到国外，又来不及向法院申请保全，可以向货物进出境地的海关提出扣留侵权嫌疑货物的申请。在我国，除了工商部门和法院之外，海关也对与进出口货物有关的、受法律保护的商标专用权实施边境保护措施。
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