根据规定，我国对商标注册专用权的保护实行的是“双轨制”，设定了司法保护和行政保护两条途径，司法机关和行政执法机关均有权对商标注册侵权假冒案件作出相应的处理，这是我国商标法律制度的一个特色。司法保护和行政保护在职能和作用上各有侧重：司法保护具有程序严谨规范、全面追究侵权人的刑事、民事法律责任等特点，采取被动保护的方式，即必须由商标专用权人向法院提起诉讼，法院才会介入。行政保护相对来说，程序较为简便、执法效率较高，能够较迅速恢复权利人的权利状态等特点，一般采取主动保护与被动保护相结合、以主动保护为主的方式。此外，根据《知识产权海关保护条例》的规定，对于进出口货物，商标专用权人还可以申请海关知识产权备案及知识产权保护措施。
侵犯商标专用权案件一般由中级人民法院管辖。最高人民法院《关于审理商标案件有关管辖和法律适用范围问题的解释》第2条第3款、第4款对此问题有明确规定。商标民事纠纷一审案件，由中级以上人民法院管辖。 各高级人民法院根据本辖区的实际情况，经最高人民法院批准，可以在较大城市确定1 ~2个基层人民法院受理第一审商标民事纠纷案件。目前全国400余个中级人民法院都可以依法受理商标民事纠纷案件。因此，如果他人侵犯自己的商标专用权，一般应当向中级人民法院起诉。
侵犯商标专用权案件一般向侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地或者查封扣押地、被告住所地人民法院起诉。
此外，实践中，涉及大量侵权商品储存、隐匿，以及海关等行政机关对侵权商品查封扣押的案件，管辖并不明确。因此，《最高人民法院关于审理商 标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第6条明确规定了侵权商品的储藏地，或者海关、工商等行政机关依法查封、扣押侵权商品的所在地，可以作为确定地域管辖的依据。但需要注意的是，本条规定中的查封扣押地，仅指海关、工商等行政机关査封、扣押侵权商品的地点。人民法院在诉前查封、扣押侵权商品的地点，不属丁上述司法解释规定的查封扣押地。人民法院在审查当事人诉前申请采取临时措施时，首先应当确定自己有管辖权，不得因采取诉前临时措施而认为可以取得管辖权。
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